Novo oružje za dijagnozu tuberkuloze i otkrivanje otpornosti na drogu: Nova generacija ciljanih sekvenciranja (TNGS) u kombinaciji sa mašinskom učenjem za dijagnozu hipotenzije tuberkuloze
Izvještaj o literaturi: CCA: Dijagnostički model zasnovan na TNGS-u i mašinskom učenju, koji je pogodan za ljude s manje bakterijske tuberkuloze i tuberkuloznog meningitisa.
Naziv teze: TUBERCOLL CILJENI Sljedeći sekvenciranje i mašinsko učenje: Ultra osjetljiva dijagnostička strategija za paucifične plućne cevalove i cevasti meningitis.
Periodični: "Clinica Chimica Acta"
Ako: 6.5
Datum objave: 2024. januara
U kombinaciji sa Univerzitetom u kineskoj akademiji nauka i bolnice za komodu u Pekingu Medicinskog univerziteta Macro & Micro test uspostavio je model dijagnoze tuberkuloze zasnovan na novoj generaciji ciljanog sekvenciranja (TNGS) tehnologije i strojnoj metodi učenja, koja je pružila ultra visoku Osjetljivost otkrivanja za tuberkulozu s nekoliko bakterija i tuberkuloznog meningitisa, pružio je novu metodu dijagnostike preosjetljivosti za kliničku dijagnozu dva Vrste tuberkuloze i pomogli su preciznoj dijagnozi, otkrivanju otpornosti na lijekove i liječenje tuberkuloze. Istovremeno, utvrđeno je da se pacijentova plazma CFDNA može koristiti kao odgovarajući tip uzorka za kliničko uzorkovanje u dijagnostici TBM-a.
U ovoj studiji, 227 uzoraka plazme i uzorci cerebrospinalnih tekućina korišteni su za uspostavljanje uzoraka laboratorijskih dijagnostičkih kohorta za uspostavljanje modela mašinskog učenja tuberkuloze dijagnoze, a kliničke dijagnostičke kohorske uzorke korištene su za provjeru uspostavljenog Dijagnostički model. Svi uzorci prvi su ciljani posebno dizajniranim ciljanim bazenom za snimanje za snimanje za mikobakterijumu tuberkulozu. Tada se na osnovu TB-TNGS sekvencirajuće podatke model stabla odluke koristi za obavljanje 5-sklopnih unakrsnih validacije na setovima treninga i validacije laboratorijskog dijagnostičkog reda, a dobivaju se dijagnostički pragovi uzoraka uzoraka plazme i uzoraka cerebrospinalnih tekućina i uzoraka cerebrospinalnih tekućina. Dobiveni prag doveden je u dva testna seta reda kliničke dijagnoze za otkrivanje, a dijagnostički izvedba učenika ocjenjuje se Roc krivuljom. Konačno, dobijen je model dijagnoze tuberkuloze.
Sl. 1 šematski dijagram dizajna istraživanja
Rezultati: Prema specifičnim pragovima CSF DNA uzorka (AUC = 0,974) i uzorak plazme (AUC = 0,908) utvrđen u ovoj studiji, među 227 uzoraka, osjetljivost uzorka CSF-a iznosila je 95,01%, a specifičnost je bila 95,65%, i Osjetljivost i specifičnost uzorka plazme iznosili su 82,61%, a 86,36%. U analizi 44 uparene uzorke CFDNA i cerebrospinalne tekućine DNK iz pacijenata s TBM-om, dijagnostička strategija ove studije ima visoku konzistenciju od 90,91% (40/44) u plazmi i cerebrospinalnom tekućinom DNK, a osetljivost je 95,45% (42/44). Kod djece s plućnim tuberkulozom, dijagnostička strategija ove studije osjetljivija je na uzorke plazme od Xpert otkrivanja uzoraka za gastrične sokove od istih pacijenata (28,57% vs 15,38%).
Sl. 2 Analiza performanse modela dijagnostike tuberkuloze za uzorke stanovništva
Sl. 3 dijagnostičke rezultate uparenih uzoraka
Zaključak: U ovoj studiji uspostavljena je preosjetljiva dijagnostička metoda za tuberkulozu koja može pružiti dijagnostičko sredstvo s najvećim osjetljivošću otkrivanja kliničkih bolesnika s oligobacilarnoj tuberkulozi (negativna kultura). Otkrivanje preosjetljive tuberkuloze zasnovano na plazmi CFDNA može biti odgovarajući tip uzorka za dijagnostiku aktivne tuberkuloze i tuberkulozni meningitis (uzorci plazme su lakši za prikupljanje od cerebrospinalne tekućine za pacijente osumnjičene za tuberkulozu).
Izvorna veza: https://www.scienceencect.com/science/article/PII/S0009898123004990? Via% 3Dihub
Kratko uvođenje proizvoda za otkrivanje tuberkuloze MACRO & MICRO-test
S obzirom na kompliciranu uzorku pacijenata na tuberkulozu i raznim potrebama, makro & micro-test pruža kompletan skup rješenja NGS-a za vađenje ukapljenja iz uzoraka ispljunih, kvalifikacijskog biblioteke i analize podataka i analizu podataka. Proizvodi pokrivaju brzu dijagnozu pacijenata od tuberkuloze, otkrivanje otpornosti na lijekove, kucanje mikobakterijskog tuberkuloze i NTM, dijagnozu bakterija-negativnosti i tuberkuloznih ljudi itd.
Sezorijski setovi za otkrivanje za tuberkulozu i mikobakteriju:
| Predmet br | Naziv proizvoda | Sadržaj testiranja proizvoda | Vrsta uzorka | Primenljivo model |
| HWTS-3012 | Agent za izdanje uzoraka | Koristi se u tretmanu ukapljenja u uzorcima ispljuba, dobio je prvoklasni broj za rekord, Sutong oprema za mašinu 20230047. | sputum | |
| HWTS-NGS-P00021 | Komplet za otkrivanje količine Qualcomm za preosjetljivu tuberkulozu (metoda za snimanje sonde) | Neinvazivna (tečna biopsija) Prekid preosjetljivosti za bakterije-negativne plućne tuberkuloze i moždane kvrže; Uzorci ljudi koji se sumnja da su zaraženi mikobakterijama od tuberkuloze ili ne-tuberkuloze analizirani su metagenomickim sekvenciranjem, a informacije o otkrivanju hoće li mikobakterije tuberkuloze ili ne-tuberkuloze, a glavna prva linija za otpornost na lijekove mikobakterijuma tuberkuloze su obezbeđeni. | Periferna krv, alveolarna lavagena tekućina, hidrotoraks i ascites, uzorak fokusiranja uzorka, cerebrospinalna tekućina. | Druga generacija |
| HWTS-NGS-T001 | Komplet za otkrivanje mikobakterijuma i otkrivanje droga (metoda sekvenciranja multipleks pojačanja) | Ispitivanje tipkanja Mycobacterium, uključujući MTBC i 187 NTM;Otpornost na lijekove za otkrivanje mikobakterijskog tuberkuloze obuhvata 13 lijekova i 16 jezgrenih mutacija gena otpornosti na lijekove. | Sputum, alveolarna lavage tekućina, hidrotoraks i ascitete, uzorak za fokus uboda, cerebrospinalna tekućina. | Dvostruka platforma druge / treće generacije |
Izdvajamo: HWTS-NGS-T001 Komplet za otkrivanje mikobakterijskog i načina otpora lijeka (metoda multipleks pojačanja)
Uvod proizvoda
Proizvod se temelji na glavnim prvim i sekundarskim lijekovima opisanim u smjernicama za liječenje TB, makrolidima i aminoglikozidima koji se obično koriste u smjernicama za liječenje NTM-a, a web lokacije za otpornost na lijekove pokrivaju svu jednu grupu odnosa s lijekovima u objektu Katalog mutacije mikobakterijuma tuberkuloze, kao i drugi prijavljeni geni i mutacije za otpornost na lijekove prema istrazi i statistici visokog bodovanja književnosti u zemlji i inostranstvu.
Identifikacija tipkanja temelji se na NTM sojevima sažetim u NTM smjernicama koje je objavio kineski časopis za tuberkulozu i respiratorne bolesti i konsenzus stručnjaka. Dizajnirani primatri za tipkanje mogu pojačati, redoslijed i napomenuti više od 190 NTM vrsta.
Kroz ciljani multipleks PCR tehnologije pojačanja, genotipirajući geni i geni za lijekove koji se otporne na mikobakteriju su pojačani multipleks PCR, a dobijena je Amplikonska kombinacija ciljnih gena za otkrivanje. Pojačani proizvodi mogu se izgraditi u biblioteke visokih sredstava ili treće generacije, a sve platforme sekvenciranja treće generacije i treće generacije mogu se podvrgnuti visokom dugogodišnjem sekvenciranju za dobivanje podataka o ciljnim genima. Upoređivanjem sa poznatim mutacijama sadržanim u ugrađenoj referentnoj bazi podataka (uključujući mikobakterijumu tuberkulozu kompleks mutacije i njen odnos s otporom na drogu), utvrđene su mutacije vezane za otpornost na lijekove ili osjetljivost lijekova protiv tuberkuloze. U kombinaciji sa samootvorenim otopinom uzorka uzorka makronamjeha i mikro testa, problem niske nukleinske amplifikacije uzoraka kliničkih ispljunih uzoraka (deset puta veće od tradicionalnih metoda), tako da može biti otkrivanje sekvenciranja otpornosti na drogu direktno se primjenjuje na uzorke kliničkih ispljunja.
Raspon detekcije proizvoda
34Geni povezani sa drogom18leko protiv tuberkuloze i6Otkriveni su NTM lijekovi, pokrivajući297Mjesta za otpornost na lijekove; Deset vrsta mikobakterijske tuberkuloze i više od190Otkrivene su vrste NTM-a.
Tabela 1: Informacije od 18 + 6 droga + 190 + ntm
Prednost proizvoda
Snažna klinička prilagodljivost: uzorci ispljuvanja mogu se izravno otkriti agentom za samopred ukazanosti bez kulture.
Eksperimentalna operacija je jednostavna: Prvi krug operacije pojačanja je jednostavan, a konstrukcija biblioteke je završena za 3 sata, što poboljšava efikasnost rada.
Sveobuhvatni otpor i lijek: Pokrivanje web lokacija za tipkanje i lijekove MTB i NTM, koji su ključne tačke kliničke brige, precizne otpornosti i otpornosti na lijekove, podržavajući softver za analizu i generiranjem izvještaja o analizi i generiranjem izvještaja o analizi.
Kompatibilnost: Kompatibilnost proizvoda, prilagođavanje mainstream ILM i MGI / ONT platforme.
Specifikacija proizvoda
| Šifra proizvoda | Naziv proizvoda | Platforma za otkrivanje | specifikacije |
| HWTS-NGS-T001 | Komplet za otkrivanje mikobakterijuma i otkrivanje droga (metoda multipleks pojačanja) | On, illumina, mgi, salus pro | 16 / 96RXN |
Vrijeme pošte: januar-23-2024